ZOOM Lite

Penerangan

ZOOM Lite adalah perisian pemetaan data dan visualisasi generasi seterusnya. Pengguna memasukkan genom rujukan dan Illumina/Solexa membaca fail pendek atau ruang warna AB SOLiD membaca fail dalam pelbagai format, seperti * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta dll ZOOM mengeluarkan hasil pemetaan pendek ini membaca pada urutan rujukan. ZOOM Lite mempunyai kernel pemetaan yang cepat dan tepat berdasarkan teori biji pelbagai jarak yang baru dirancang. Pembacaan hujung tunggal dan hujung berpasangan dengan pelbagai panjang dari 15bp hingga 240bp dapat dikendalikan. Sebilangan besar ketidakcocokan dan satu penyisipan/penghapusan pelbagai panjang antara bacaan dan kawasan sasarannya pada urutan rujukan dibenarkan. Hasil yang dipetakan secara unik atau hasil terbaik (N atas) untuk setiap bacaan akan dilaporkan mengikut ketidakcocokan minimum dan panjang indel. Skor kualiti digunakan untuk meningkatkan ketepatan pemetaan. Berdasarkan kernel pemetaan, ZOOM Lite membolehkan pengguna memuatkan data bacaan tempatan dan data urutan rujukan, memilih parameter yang tepat, memproses data volume tinggi secara selari antara empat CPU, memantau tugas yang sedang berjalan, menyimpan hasil pemetaan, melihat grafik hasil pemetaan dan hasil pemetaan output dalam format fail * .BED atau * .GFF untuk tinjauan lebih lanjut dengan maklumat trek penyemak imbas UCSC. Hasil pemetaan dapat dilihat dalam skala apa pun yang diinginkan, dari grafik kedalaman baca di seluruh kromosom hingga penjajaran urutan terperinci antara bacaan dan urutan rujukan. Pengguna dengan mudah menavigasi ke kawasan yang menarik hanya dengan klik dan seret atau menatal. ZOOM Lite adalah turunan dari perisian ZOOM Studio.