FlexS

Penerangan

FlexS meramalkan konformasi dan orientasi salah satu ligan berbanding ligan yang lain. Dalam FlexS ligan rujukan diandaikan tegar, oleh itu, ia harus diberikan dalam bentuk yang serupa dengan keadaan terikat. Algoritma superposisi dalam FlexS hanya memerlukan sedikit campur tangan manual. Anda boleh menyepadukan pengetahuan ini ke dalam pengiraan dengan FlexS dengan menjalankan satu langkah secara manual. Oleh itu, FlexS direka bentuk untuk kerja interaktif pada pasangan ligan serta untuk saringan maya berasaskan ligan. Dua aplikasi utama FlexS ialah penentududukan super ligan (cth. untuk CoMFA/QSAR) dan saringan maya. Jika anda mempunyai protein dan molekul kecil yang mengikatnya (yang dipanggil ligan rujukan) tetapi tiada struktur protein, anda boleh mengambil struktur rujukan sebagai cap jari negatif tapak aktif. FlexS menentukan persamaan antara ujian dan struktur rujukan dengan menjajarkannya. Dalam saringan maya, anda mempunyai ligan rujukan dan satu set sebatian dan anda berminat untuk mengutamakan sebatian untuk ujian eksperimen.