RAPTOR

Penerangan

RAPTOR adalah perisian inovatif yang direka untuk ramalan struktur protein yang tepat. Ia menggabungkan alat analisis canggih dalam satu penyelesaian perisian bersepadu dan menyediakan tiga kaedah utas yang berbeza. Pendekatan pengoptimuman pengaturcaraan integer unik RAPTOR paling berkesan untuk mencari templat struktur sasaran dengan homologi urutan rendah dan mampu menghasilkan model berkualiti tinggi. Antara muka yang mudah digunakan dan nilai E yang mudah difahami sangat sesuai untuk pemula dan pakar. Yang terpenting, paparan output yang intuitif membolehkan pengguna memahami hasilnya sekilas. Memandangkan urutan protein sasaran, jika ada protein homolog dengan struktur 3D yang diketahui, ia dapat dijumpai dengan menggunakan alat pencarian urutan seperti PSI-BLAST, juga disediakan dalam RAPTOR. Struktur sasaran kemudian dibina dari struktur yang diketahui; namun, apabila homologi urutan tidak signifikan, iaitu kurang dari 25%, PSI-BLAST tidak dapat hadir dengan hit yang yakin. Tidak seperti PSI-BLAST, yang hanya melakukan carian urutan, threading protein, pengenalan lipatan, menggunakan maklumat homologi dan struktur. Ia mengimbas urutan protein dengan struktur yang tidak diketahui terhadap pangkalan data struktur yang diketahui. Dengan menggunakan fungsi pemarkahan dan melakukan analisis keserasian antara struktur tiga dimensi dan urutan protein linier, templat struktur terbaik akan dikenal pasti dari mana untuk membina struktur urutan. Akibatnya, threading protein memberikan ramalan yang lebih baik daripada pemodelan homologi apabila terdapat homologi urutan marginal.